เรื่องย่อบทสรุป : จากชาวนิวยอร์กซิตี้ พวกเขาต้องเผชิญหน้ากับกองทัพของมนุษย์กลายพันธุ์ซินเธีย อูทรอม ผู้บริหารสถาบันวิจัยเทคโนโลยี (TCRI) ที่ส่งฝูงบินมาตามล่าพวกเขา เพื่อใช้การกำจัดนักวิทยาศาสตร์จอมโกง Baxter Stockmanการกำจัดของ Stockman ส่งผลให้มีสารก่อกลายพันธุ์ตกอยู่ในท่อระบายน้ำของนครนิวยอร์ก ทำให้พี่น้องเต่านินจาถูกกลายร่างเป็นมนุษย์กลายพันธุ์ "ซึ่ม" ซึ่งเขาเรียกว่า การถูกล่าโดยมนุษย์กลายพันธุ์ทำให้ Splinter พี่น้องเต่านินจาไม่ไว้วางใจมนุษยชาติและฝึกฝนให้กับลูกชายของเขาในศิลปะแห่งนินจาพบกับความราบเรียบของชีวิตเดิมอีกครั้ง พี่น้องเต่านินจาพบกับสิ่งที่พวกเขาเรียกว่า "วัยรุ่นธรรมดา" และพวกเขาต้องการจะมีชีวิตอยู่เหมือนคนปกติ แต่ Splinter พ่อหนูบุญธรรมของพวกเขา มีความกังวลเกี่ยวกับสัตว์นินจาในพวกเขาพยายามหาเสบียงสำหรับการกลับบ้าน เต่านินจาต้องออกนอกจากท่อระบายน้ำและพยายามขโมยเสบียงกลับ ในขณะเดียวกัน Superfly กลายเป็นศัตรูร้ายเพื่อขโมยรถมอเตอร์ไซค์ของวานิท พบกับพี่น้องเต่านินจา ทำให้เขาเผยตัวตนและเริ่มเผชิญกับความจริงของตัวเองเพื่อความสัมพันธ์กับชาวนิวยอร์กและการทำความเข้าใจระหว่างมนุษย์และสัตว์นินจา พี่น้องเต่านินจาต้องหาทางทำลายกลุ่มอาชญากร "ซึ่ม" ที่พวกเขาเรียกว่า "Mutant Mayhem" ซึ่งก่อกลายพันธุ์เพื่อความอำนาจเหนือมนุษย์ และพวกเขาต้องพิสูจน์ตัวเองเป็นวีรบุรุษต่อชาวเมืองและกำลังดำเนินการต่อสู้ในเส้นทางสู่ความคุ้มครองและความเป็นมนุษย์